Studi molecular docking senyawa diterpen abieten terhadapenzim protease utama (mpro) virus corona

Abstrak

Coronavirus disease atau Covid-19 merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh virus corona jenis baru yaitu SARS-CoV-2. Penyakit ini pertama kali ditemukan di Wuhan, China dan saat ini telah menjadi pandemi yang sudah menyebar hampir ke seluruh negara di dunia. Salah satu enzim yang berperan penting dalam memediasi replikasi dan transkripsi pada virus SARS-CoV-2 adalah enzim protease utama (M^pro). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan senyawa yang berpotensial menginhibisi enzim protease utama (M^pro) virus corona (PDB ID: 6LU7 dan 2GTB) melalui studi molecular docking pada senyawa turunan diterpen abieten. Studi molecular docking dilakukan menggunakan perangkat lunak Autodock4 dan divisualisasi menggunakan PyMOL dan Discovery studio. Validasi metode atau redocking menunjukkan akurasi yang baik dengan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) sebesar 1,85 Å pada enzim 6LU7 dan 1,92 Å pada enzim 2GTB. Studi molecular docking enzim 6LU7 pada 3 senyawa turunan diterpen abieten (6-asetil7-hidroksiroileanon, 7-hidroksiroileanon dan diterpenoid glukosida (CH-6)) menunjukkan nilai energi ikatan masing-masing sebesar -9,07; -8,22 dan 7,94 kcal/mol, pada enzim 2GTB menunjukkan nilai -9,54;          -9,14; -8,26 kcal/mol. Hasil ini menunjukkan senyawa 6-asetil7-hidroksiroileanon dan 7-hidroksiroileanon memiliki afinitas lebih kuat terhadap enzim protease utama (M^pro) dan enzim peptidase utama dibandingkan dengan kontrol positif yang mempunyai energi ikatan sebesar -7.38 dan -7,97 kcal/mol. Selain itu, senyawa yang memiliki afinitas paling kuat yaitu 6-asetil7-hidroksiroileanon memiliki 6 ikatan hidrogen yang sama dengan ligan asli dalam situs aktif enzim protease utama (M^pro). Sehingga, diprediksi senyawa 6-asetil7-hidroksiroileanon mampu dijadikan sebagai inhibitor pada enzim protease utama (M^pro) Covid-19 maupun pada enzim peptidase utama SARS-CoV dari strain sebelumnya.